Dans Prey, le joueur est envoyé sur l'astéroïde KG-42 car tout contact a été perdu avec les colons. L'objectif du joueur est de sauver autant de colons que possible. Le gaz toxique remplit les couloirs, le joueur doit donc agir rapidement avant que son approvisionnement en oxygène ne s'épuise.

Le monde du jeu est parcouru par étapes de séquences vidéo pré-rendues de couloirs et de salles. Les joueurs peuvent utiliser leur carte pour les aider à naviguer dans le labyrinthe et trouver des salles contenant des survivants. Parfois, un contact radio est établi et les objectifs de mission du joueur seront mis à jour pour qu'il puisse se rendre à un endroit spécifique. Après avoir obtenu une arme à feu, il est également possible de combattre des extraterrestres, qui sont à l'origine de la perturbation de l'astéroïde.