Les joueurs contrôlent Marco et Tarma, tous deux membres de la force d'opérations spéciales Team Peregrine Falcon (communément appelée Team PF), et se frayent un chemin à travers étape après étape d'action intense. Le but est d'essayer de renverser le général Morden et de récupérer l'arme volée, le Metal Slug.
Les joueurs doivent traverser des vagues d'ennemis et de machines (tout en sautant par-dessus tous les obstacles sur leur chemin) pour progresser dans les étapes. Ce n'est pas aussi désespéré que cela puisse paraître, cependant - des armes telles que des mitrailleuses lourdes, des fusils de chasse, des lance-roquettes et des lance-flammes, ainsi que le Metal Slug lui-même (qui apparaît fréquemment dans le jeu), faciliteront la bataille.