3D Starfighter est un jeu de tir en 3D où, à l'aide d'un réticule, vous devez abattre les vaisseaux ennemis qui approchent à toute vitesse avant qu'ils ne vous percutent et ne vident vos boucliers. Utilisez vos lasers avec parcimonie, car ils drainent également votre énergie.

Le joueur incarne un agent spécial dont la mission est de livrer l'arme CHAOS (Complete Hostile Alien Obliteration System) à la population d'une planète lointaine envahie par des extraterrestres hostiles. Débarrassez chaque zone spatiale de ses ennemis avant d'atteindre votre objectif ultime : détruire le Battlestar ennemi.