Le jeu se déroule pendant la Seconde Guerre mondiale. Le joueur y incarne l’espion américain B.J. Blazkowicz dans son combat contre les nazis. Dans la version originale du jeu, divisée en trois épisodes, le héros tente d’abord de s’évader du château Wolfenstein après avoir été capturé lors d’une mission visant à récupérer les plans d’une opération secrète. Après s’être évadé, il parvient à récupérer puis à déjouer les plans de ses ennemis qui cherchent à créer une armée de mutants. Il s’infiltre ensuite dans le Führerbunker sous la chancellerie du Reich où il affronte finalement Adolf Hitler, dans une combinaison robotique équipée de quatre mitrailleuse de type Gatling. La seconde trilogie, baptisé The Nocturnal Missions, constitue une préquelle de la première dans laquelle B.J. Blazkowicz tente de déjouer les plans des nazis pour fabriquer des armes chimiques.