L'histoire du jeu est centrée sur le combat de trois groupes d'aventuriers contre la « secte Bulzome », une puissante organisation qui souhaite la résurrection d'un dieu maléfique du nom de Bulzome. Au fur et à mesure du jeu, le conflit s'intensifie et la sûreté du monde devient un problème majeur.

Premier épisode de la série Shining Force à utiliser des graphismes en trois dimensions ; l'intérêt principal de Shining Force III réside dans le fait qu'il propose trois jeux au sein desquels, on suit l'évolution de l'histoire à travers trois héros différents. L'équipe de développement a ainsi eu l'idée d'intégrer un système d'interaction, appelé « Synchronicity System », entre les trois épisodes de la saga. C'est-à-dire que certaines actions du joueur conditionnent une partie de la suite de l'aventure, rendant par exemple certains personnages disponibles à la place d'autres.