Pu-Li-Ru-La a lieu dans Radishland, une terre où le temps s'écoule correctement grâce à une clé. Cependant, un homme maléfique est apparu et a volé la clé pour enrayer l'écoulement du temps. Les villes ont été attaquées une par une et le flux du temps s'est arrêté. Zac et Mel, les deux personnages jouables, sont alors appelés par un vieil homme pour défendre leur ville. Pour les aider à accomplir cette tâche, il leur remet une baguette magique, leur seule arme pour combattre le mal.