Linkle Liver Story est un RPG orienté action qui se déroule sur une planète lointaine appelée Mamuuna dont les habitants sont des humains dotés de qualités animales. L'histoire est centrée sur la "Fleur Mère" qui donne la vie à tous les nouveaux êtres de la planète lorsqu'un jour elle disparaît. C'est là que le joueur prend le contrôle d'un personnage de fille-chat du nom de Kittchu, qui est accompagné d'une graine rose qui ressemble à un cochon, voyageant sur la planète de continent en continent dans un tourbillon de tornade, vainquant des ennemis dans une tentative de récupérer la "Fleur Mère" et de ramener l'ordre sur la planète. Le gameplay rappelle les premiers jeux Zelda, où le joueur utilise diverses armes pour découper les ennemis, de même que le compagnon du joueur, la graine, charge les ennemis à distance. Pour obtenir des armes, le joueur doit chercher des graines d'armes et utiliser l'eau laissée par les ennemis vaincus pour les faire pousser. Il y a six graines de couleurs différentes à trouver qui sont alimentées par quatre niveaux différents, ce qui donne plus de 120 armes différentes à utiliser. De même, les éléments de récupération de santé sont acquis de la même manière, en utilisant l'eau pour faire pousser des arbres spéciaux qui produiront des fruits.