Ace Combat 6 couvre la guerre opposant la République d'Emmeria et la République Fédérale d'Estovakia sur le continent d'Anean.

Les fragments de l'astéroïde Ulysses ont touché Estovakia, provoquant la plus grave crise économique et humanitaire de son histoire et la perte de contrôle de son gouvernement, suivies par des sanctions économiques, plonge le pays dans une guerre civile. Elle a pris fin avec la prise de pouvoir de l'armée estovakienne grâce à son escadron d'élite Strigon et de sa flotte de forteresses volantes.

Avec la haine grandissante, une nouvelle guerre débute par l'invasion de la capitale d'Emmeria, Gracemeria, par les forces aériennes estovakiennes le 30 août 2015. Le joueur entre alors dans la peau d'un pilote de chasse solitaire, Garuda 1, surnommé "Talisman". L'attaque surprise force l'opérateur à réorganiser ses troupes, un autre pilote solitaire sera assigné en tant qu'ailier Garuda 2, surnommé "Shamrock", et qui l'assistera tout au long du jeu à ses côtés. Les deux personnages sont assignés à la Team Garuda du 28e escadron tactique, de la 8e Division de l'Armée de l'Air.