La princesse Shizuhime a été enlevée par un groupe de ninja sous le commandement de Genbu, et emmenée dans le château du maléfique Lord Hiei. Le jeune et courageux ninja Kaze est convoqué par le Seigneur Yoshikage et envoyé pour une mission dangereuse : infiltrer le château de Hiei, vaincre ses sbires et sauver Shizuhime. Kaze Kiri est essentiellement un beat-em-up avec quelques caractéristiques distinctives. Le jeu consiste à traverser des zones à défilement latéral entièrement linéaires, en battant les ennemis habituels et les boss sur le chemin. Avant de pouvoir combattre le boss de l'étape, Kaze doit vaincre un nombre prédéterminé d'ennemis, qui est affiché en haut de l'écran sous la forme d'un nombre de points de vie partagés. Kaze attaque avec son épée lorsqu'il est proche de l'ennemi, ou lance des shurikens sur lui à distance. Les projectiles ennemis peuvent également être bloqués en les contrant avec des shurikens. Kaze peut par ailleurs disparaître pendant un moment et réapparaître à un autre endroit. Il peut sauter, esquiver, faire des sauts périlleux, attraper et projeter les ennemis. La santé de Kaze se régénère avec le temps s'il n'est pas frappé à plusieurs reprises. Terminer le jeu permet de débloquer un autre personnage jouable, la femme ninja Suzu.