En raison de son envie des réalisations de Frogger et de l'attention qu'il reçoit, Swampy le Crocodile élabore un plan sournois pour envahir son étang et kidnapper les frères et sœurs de Lillie Frog. Quel ignoble crocodile ! En assumant le rôle de la grenouille vengeresse, vous devez contrecarrer le crocodile maléfique et sauver les têtards innocents du mal.
Divisée en différents mondes 3D interactifs, la mission de Frogger s'étend sur plus de 30 niveaux bourrés d'obstacles menaçants et de copains monstrueux bloquant le chemin de la victoire. Heureusement, la grenouille a été dotée de pouvoirs suprêmes, notamment des sauts réguliers et des super-sauts, la capacité de flotter sur l'eau et la terre, un Power Croak pour appeler les têtards manquants et une langue à la recherche d'insectes.