Les prémisses du jeu diffèrent quelque peu par la plupart de ses frères : le joueur assume le rôle d'un pilote dont la mission est de survivre à une mission d'entraînement de huit ans, où il est censé prouver sa valeur en tant que combattant et entrer. au futur escadron d'élite connu sous le nom d'escadron DonPachi - qui figure en bonne place tout au long de la série.
La torsion réside dans le fait que les ennemis sont, en vérité, les propres camarades du joueur, se faisant passer pour des ennemis et sacrifiant leur vie pour ne permettre qu'aux pilotes les plus qualifiés de passer le test et de survivre.