Vous avez sauvé les habitants innocents de Gradius des villes Bactérions. Mais maintenant, un fléau encore plus mortel a recouvert les environs. Son nom est Zelos, un extra-terrestre qui se nourrit des planètes en les engloutissant. Mais cette fois, vous ne serez pas seul pour sauver les millions d'habitants de Gradius. Vous pouvez faire appel à un ami Starfighter de la planète Latis qui se battra à vos côtés dans son destroyer de l'espace RoadBritish. Vous tenterez tous les deux de sauver la planète en obtenant le maximum de power-ups, en utilisant vos lasers, missiles plutoniques et champs de force impénétrables. Bonne chance commandant, la galaxie compte sur vous !