L'histoire se concentre sur un groupe de lycéen étant confrontés à des incidents surnaturels. Après avoir joué à un jeu de voyance, chaque membre gagna le pouvoir d'invoquer des Personas. Usant ce pouvoir sous la direction de Philemon, un personnage représentant le subconscient de l'humanité, le groupe fait face à de multiples forces menaçant le monde. Le système de jeu tourne entre l'exploration des environnements autour de la ville et le combat contre les ennemis en utilisant les Personas. Au cours du jeu, le joueur peut crée de nouveaux Personas en utilisant des cartes de sort gagnées en combat ou en parlant avec les ennemis