Peu de temps après la conclusion des ''Blissful Death Wars'', le colonel Godwin Longhena a été nommé commandant de l'ensemble du Corps Dodonpachi. Six ans après, le Corps Dodonpachi détecte une anomalie spatio-temporelle depuis leur base lunaire. Le temps de l'autre côté était en mai 2008 au Japon. "Réécrire le passé ... est-ce possible ...?"

The game is set within an alternate timeline from other Dodonpachi games, with all characters from previous games abandoned. In the past, the Element Doll Electronics Laboratory was designing the ultimate Element Doll to assist the human species, dubbed "Project Haruuara." The first units produced were Extra Z-001 "Hina" and Extra Z-002 "Saya." Though they lived as twin sisters and …