BrainMan est un jeu de puzzle de haut en bas. Le joueur prend le contrôle d'un blob chargé de deux tâches à chaque niveau: collecter suffisamment d'étoiles et enfin trouver la sortie. Cependant, il existe des obstacles, y compris des blocs (qui peuvent, comme Soko-Ban, uniquement poussés mais pas tirés), des portes fermées, une limite de temps ou d’autres blobs …