Naruto Shippuden : Ultimate Ninja Heroes 3 met l'esprit combatif des joueurs à l'épreuve avec des batailles intenses et frénétiques en utilisant l'un des plus de 50 personnages. Les nouveaux personnages incluent Young Kakashi et Obito Uchiha du spécial Naruto Shippuden, Kakashi Chronicles.
Pour la première fois dans l'histoire de la série, Naruto Shippuden : Ultimate Ninja Heroes 3 développe le moteur de combat emblématique de la série et le met à jour pour les bagarres à quatre joueurs. Faites équipe avec un partenaire pour déclencher une attaque d'équipe Jutsu dévastatrice sur vos adversaires, ou interrompez l'Ultimate Jutsu d'un ennemi pour aider ou gêner un autre joueur.