Nous sommes en 1915. La guerre a levé la tête laide pour saluer les nations européennes. Un an et demi après les événements décrits dans Shadow Hearts, la ville française de Domremy résiste à l'invasion allemande, censée être protégée par un démon. L'armée allemande envoie le lieutenant Karin Koenig avec un homme du nom de Nicolas, prétendument un inquisiteur du Vatican, dont la tâche est d'exorciser le démon. Lorsque les deux arrivent à Domremy, les événements prennent une tournure inattendue. Karin rencontre le jeune harmonixer Yuri Hyuga, qui est affligé d'une malédiction qui lui sape progressivement la vie. Yuri voyage à travers l'Europe et à travers la Russie jusqu'en Extrême-Orient, essayant de trouver un remède avant qu'il ne soit trop tard et d'empêcher une société secrète de dominer le monde par des moyens politiques et magiques.