Naruto: Uzumaki Chronicles est une toute nouvelle histoire du monde de Naruto, connue de la série télévisée animée. De nombreux incidents se sont produits récemment autour de Konoha. Il semble qu'Orochimaru envisage de détruire Konoha et c'est à Naruto & The Gang de l'arrêter. Ce jeu Naruto joue différemment des deux précédents jeux de combat basés sur PS2, car vous avez la possibilité de vous déplacer librement et de pratiquer vos compétences avant de reprendre le scénario basé sur la mission. Vous pouvez effectuer vos combos de mêlée de base et vos frappes de puissance, ainsi que des mouvements de jutsu en utilisant un chakra comme le jutsu sexy et la réplication des ombres pour n'en nommer que quelques-uns. Naruto peut également se transformer en Naruto à neuf queues lorsque sa santé tombe en dessous d'un certain niveau. Vous pouvez augmenter votre santé, votre endurance, vos niveaux de chakra ou acquérir de nouvelles compétences en les achetant en utilisant des "points de vertu" gagnés en remportant des batailles. Vous gagnez également des alliés pour vous aider dans les batailles, comme Sasuke, Kakashi et Chouji.