Naruto: Ultimate Ninja 2 invite les joueurs à se remettre dans la bagarre alors qu'ils progressent dans trois modes de jeu seuls ou avec des amis. Suivant l'histoire en solo, les joueurs mènent Naruto à travers 16 étapes de combat situées dans les bois, sur l'eau, parmi les ruines du temple et dans les rues d'une ville asiatique. Dans chaque bataille, les joueurs gagnent de l'argent et des points d'expérience. Alors que les joueurs peuvent dépenser de l'expérience pour augmenter la vitesse, l'agilité ou la défense, l'argent est dépensé en échantillons de voix, modèles de personnages, clips vidéo. Les joueurs peuvent également perfectionner leurs mouvements dans la zone "Pratique" avant de combattre des amis dans "Vs." mode avec des personnages tels que Gara, Kiba, Rock Lee et Sasake.