Silent Service propose trois modes de jeu différents : action directe, campagne (avec plusieurs niveaux de difficulté), entraînement au lancement de torpilles.

Le jeu permet de gérer une partie des fonctions disponibles à bord d'un sous-marin : utiliser le périscope avec différents niveaux de zoom, lancer des torpilles, monter sur le pont et utiliser les jumelles, gérer le régime du moteur, plonger ou remonter le sous-marin, visualiser les avaries du matériels.