Le joueur contrôle Jason Frudnick, un adolescent qui tombe dans une caverne souterraine en tentant de rattraper Fred, sa grenouille, qui s'est échappée et est entrée en contact avec des produits radioactifs ; exposée à des radiations, elle mute et s'enfuit sous la terre. Il y découvre alors un tank, le SOPHIA 3 (Subatomic Omni-directional Probative Hyper-responsive Indomitable Abdicator, 3rd design Nora MA-01). En explorant le monde souterrain à bord de ce véhicule, il découvre que des créatures préparent l'invasion de la surface.