Die Geschichte des Zwielichts Syndrom: Saikai konzentriert sich auf vier japanischen Jugendliche: Yuri, ihre Schwester Masa, und ihre Freunden Atsushi und Aya. Alles beginnt, wenn die Jugendlichen Gerüchte über Geister im Schulgebäude enthalten hören. In der Nacht, Yuri und gehen ihre Freunde in die Schule und spielen ein Geisterbeschwörungs Spiel. Plötzlich echte Geister erscheinen und die Jugendlichen verscheuchen. Am nächsten Tag ist Yuri fast bereit, es zu glauben, war alles nur ein Traum ... aber es war natürlich nicht. Die dunklen Geheimnisse der verlorenen Seelen sind nur gehen, die einen besonderen Sinn besitzen jenen offenbart werden - die Dämmerung Syndrom ..