Situé dans O.C.U. Alordesh (Bangladesh moderne) en juin 2102, Front Mission 2 est l'histoire du soldat Ash Faruk de l'Oceania Cooperative Union (OCU) et de l'officier Lisa Stanley. Au cours d'une nuit, Ash et sa tenue, les Muddy Otters, sont pris au dépourvu lorsque l'armée d'Alordesh se révolte contre l'O.C.U.
Échappant de justesse à l'assaut de la base navale de Rimian, les Muddy Otters sont contraints d'échapper aux forces du coup d'État. Alors que les Muddy Otters se lient aux survivants de l'O.C.U. tenues, l'O.C.U. envoie une force expéditionnaire pour aider à reprendre le contrôle de la nation.
À cette époque, l'O.C.U. L'agence de renseignement envoie Lisa Stanley et son unité pour analyser les mouvements de l'armée d'Alordesh afin d'aider l'armée régulière dans ses efforts.