Un groupe de Créatures Néo-Mitochondriales s'est emparé de la tour Akropolis, éliminant sauvagement tous ceux qui tentaient de leur barrer la route. La situation menaçant de s'aggraver plus encore, la police de Los Angeles fait appel à vos services afin d'éviter une nouvelle catastrophe. Vous incarnerez l'agent du MIST (Mitochondrion Investigation and Suppression Team - section spéciale du FBI) Aya Brea, dans une enquête qui vous mènera des bas-fonds de Los Angeles aux profondeurs du désert Mojave, dans un sinistre centre de recherche souterrain. Vous devez arrêter cette nouvelle espèce de créatures avant qu'elle n'anéantisse l'intégralité de l'humanité.